НІЧНИЦЯ ВОДЯНА вважається звичайним видом більшості регіонів України. В якості зимових сховищ використовує виключно підземелля — природні печери, каменоломні, тунелі тощо, в яких можуть формувати скупчення до декількох сотень особин. Підрахунок у рихлівській печері засвідчив присутність 57 особин. Цей вид є осідлим, що місцями здійснює локальні міграції на декілька десятків кілометрів. Полює над різноманітними водоймами, збираючи здобич з поверхні води. Здобиччю, в основному, є різноманітні водні та навколоводні види двокрилих, лускокрилих, жуків, волохокрильців та ін. Тому поправу є природним регулятором чисельності навколоводних комах. Самка раз на рік народжує одне маля. Максимальна відома тривалість життя 28 років.
Вид має природоохоронний статус: Вразливий. Ефективні заходи охорони мають включати заповідання та охорону сховищ виду; проведення екопросвітніх акцій, спрямованих на поширення інформації щодо вразливості та необхідності охорони рукокрилих. В Мезинському НПП передбачена щорічна осіння інформаційна кампанія щодо поінформованості місцевих жителів про важливість рукокрилих.